Cercando di trovare con $regex più campi contemporaneamente in Mongodb

Questo perché il modo in cui hai scritto la query significa che dovrebbe corrispondere alla regex specificata query con tutti i parametri passati come l'operazione e(&&). Quello che potresti fare è fare e o(||) operazione con tutti i campi richiesti.

Qui il codice di esempio che puoi provare.

db.users.find({
    "$or": [
        { name: { '$regex': query, '$options': 'i' } },
        { ref: { '$regex': query, '$options': 'i' } }
    ]
}).then((users) => {
    res.json(users);
});