Questo dovrebbe fare il trucco:
db.lists.update(
{},
{ $pull: {"items": {"_id" :ObjectId("5399e2cc2d7b0349d89d2b44") }},
{ multi: true }})
Per ogni documento della raccolta ({}
significa query vuota), rimuove ogni elemento con il _id
fornito (negli items
Vettore). Senza il multi
opzione, sarà interessato solo il primo documento trovato