Puoi utilizzare $pull operatore, prova con la query seguente:
db.collection.update({
{ _id : id },
{ $pull: { "list": "four" } }
});
Se vuoi rimuovere due o più elementi dall'array "list", puoi farlo con $pull
anche operatore:
db.collection.update({
{ _id : id },
{ $pull: { list : { $in : [ "one", "four" ] } } }
});