restituisce l'errore di risoluzione nella funzione del nodo

Perché non stai passando correttamente l'utente recuperato a query.exec .

Devi fare:

var Users  = require('../models/users-model.js');

function usernametoid(id) {
    return new Promise( function (resolve, reject) {
        Users.findOne({ username : id }).then( function(user){
          //If you use lodash you can do _.isNull(user)
          if(user == null){
            return reject({error : 'User not found'});
          }

          user.exec(function(userdata, error) {
              if(userdata){
                return resolve(userdata);
              } 
              if(error){
                 return reject({error : 'Error while executing query'});
              }
           });
        });
    });
}

Non capisco davvero perché stai importando Users Model come quello. Non credo Node sarà in grado di recuperarlo così.

E dovresti richiedere mongoose nel tuo server.js

Per catturare il rifiuto è necessario il seguente codice:

UserFactory.userNameToId(id).then( function(response){
  if(response.error){
    console.log('error '+response.error);
  }
  if(response){
    console.log('Got response '+response);
  }
});