Puoi farlo con un semplice aggiornamento. Se vuoi aggiornare tutti i documenti, specifica la condizione vuota {} e multi:true come di seguito
db.usertest.update( {}, {$set: {"packs.super-rare": 0}}, false, true)
Vuoto {} - Per abbinare tutti i documentifalse - upserttrue - multi (aggiorna più documenti)