Va bene, mi mancava solo un'operazione di aggiornamento. Ho risolto il problema con il seguente update della shell mongo comando per sostituire tutti i NaN s con null s:
Il {multi: true} per aver sostituito tutte le partite.
database_name.collection_name.update({"field_name_having_NaN": {$eq: NaN}}, {$set: {"field_name_having_NaN": null}}, {multi: true});
Riferimento:Operatore di aggiornamento campo MongoDB - $set