Come restituirei l'ordine dei post MongoDB in base al tempo Preferiti dall'utente?

Invece di registrare semplicemente i post con cui piace a un utente:

Meteor.users.update({ _id: this.userId },{ $addToSet: { liked: postId }});

Esegui il push di un oggetto che includa sia postId e la data corrente

Meteor.users.update({ _id: this.userId },
  { $push: { liked: { postId: postId, likedAt: new Date() }});

Ciò risolve la tua domanda "dove archiviare" ma ti complica la vita in altri modi perché la tua query di ricerca/ordinamento sarà più complicata. Dovrai anche evitare duplicati con il codice perché while $addToSet lo fa automaticamente $push no.