Devi aggiungere un passaggio $group alla pipeline.
L'_id del gruppo sarà ciò che stai sommando (in questo caso una costante poiché vuoi un totale generale). Poiché desideri conservare l'elenco delle fatture, puoi accumularle in un campo array tramite l'operatore $push. Le somme per il totale e la quantità verrebbero gestite con $sum.
{$group : { _id : 1,
Total : { $sum : "$total" },
ItemCount : { $sum : "$qty" },
Invoices : { $push : { id : "$_id", created : "$created" }}
} }