MongoDB
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MongoDB rimuove un documento secondario da un documento secondario

dovresti usare l'operazione $pull per eliminare l'elemento dall'array.

        var query = Query.And(Query.EQ("_id", applicationId),
                         Query.EQ("Settings.Key",  "ImportDirectory"));
        var update = Update.Pull("Settings.$.Overrides", new BsonDocument(){
            { "Name", "PathDirectory" }
        });
        database.Applications().Update(query, update);