Se qualcuno sta affrontando lo stesso problema. Ho usato un set di repliche e ho provato a eseguire il comando Op. cioè
mongorestore --host myReplSet/mongo0.example.com:27020,mongo1.example.com:27012 --db <dbname> <folder_location>
Invece vai al server primario e fallo
mongorestore --port <if running on port other than 27017> --db <dbname> <location of dump>
Questo funziona per me, una possibile spiegazione potrebbe essere che ogni volta che scrivo nel database primario, viene automaticamente copiato nei miei database secondari. Quindi non è necessario fornire alcun indirizzo di set di repliche. Questo potrebbe funzionare se scrivi in una secondaria, non sono sicuro, non l'ho provato. Forse qualcun altro può illuminarlo.