Qual è l'output di un flusso di file reindirizzato?

La mia ipotesi è che la risposta venga emessa come semplice binario che non è codificato in base64 (ancora un buffer) o sia una risposta compressa (gzip) che deve essere prima decompressa.

Difficile però individuare il problema senza vedere il codice.

AGGIORNAMENTO:

Sembra che manchino le intestazioni di risposta corrette.

Prova a impostare queste intestazioni prima di downloadStream.pipe(res) :

res.setHeader('Content-disposition', 'attachment; filename=test.pdf');
res.set('Content-Type', 'application/pdf');