Non ci sono non problemi, puoi vedere che l'indice è lì. Ti aspetti che non consenta elementi duplicati? Per questo devi impostare flag univoco su true:
db.users.ensureIndex({ name : 1},{unique: true});
AGGIORNAMENTO:l'esecuzione di garantire ancora una volta con {unique: true}
non funziona, devi rilasciare e ensureIndex
ancora:
db.users.dropIndex({name:1})
db.users.ensureIndex({ name : 1}, {unique:true, dropDups : true});