Qual è il modello corretto per gli schemi nidificati in Mongoose/MongoDB?

Credo che tu abbia ragione nelle tue ipotesi, si chiama Documenti incorporati in Mongoose, ecco l'esempio dalla documentazione di Mongoose.

var Comments = new Schema({
    title     : String
  , body      : String
  , date      : Date
});

var BlogPost = new Schema({
    author    : ObjectId
  , title     : String
  , body      : String
  , date      : Date
  , comments  : [Comments]
  , meta      : {
        votes : Number
      , favs  : Number
    }
});

mongoose.model('BlogPost', BlogPost);

Disclaimer:non metterei necessariamente la virgola prima degli articoli!