Come faccio a inserire se non esiste altro aggiornare con mongoengine?

Nota che get_or_create è ora programmato per essere deprecato, perché senza supporto per le transazioni in MongoDB non può garantire l'atomicità.

Il modo preferito è aggiornare con upsert:

Location.objects(user_id=user_id).update_one(set__point=point, upsert=True)

Maggiori informazioni sugli aggiornamenti nella documentazione di MongoDB.