Puoi utilizzare una di queste tre librerie
- Flask-PyMongo - https://flask-pymongo.readthedocs.io/en/latest/
- Flask-MongoAlchemy - https://pythonhosted.org/Flask-MongoAlchemy/
- Flask-MongoEngine - http://docs.mongoengine.org/projects/flask-mongoengine/en/latest/
Personalmente uso flask mongoengine e ogni cosa funziona bene
