Come cambiare l'ordine dell'array con MongoDB?

Come ha detto @blakes-seven, hai due modi per farlo:

Afferrare, aggiornare e spingere

db.images.find({ _id: '' }, { images : 1 })
.then(function(img) {
  var tmpImg = img.images[0];
  img.images[0] = img.images[1];
  img.images[1] = tmpImg;

  db.images.update({ _id: img._id }, { $set: { images: img.images } });
})

Aggiornamento diretto (se hai l'immagine sul client e conosci gli indici), usando $position

db.images.update({ _id: '' }, { $push: { images: { $each: ['img2'] }, $position: 0 } } } )
.then(function() {
  db.images.update({ _id: '' }, {$unset: {'images.2': 1}})
});

https://docs.mongodb.org/manual/reference/operator/update/position/

Tuttavia, penso che dovresti riprogettare il modo in cui memorizzi le tue immagini, usando ad esempio un ordinamento virtuale:

{
  images: [
    { base64: 'img1', order: 0, _id: 'img1' },
    { base64: 'img2', order: 1, _id: 'img2' },
    { base64: 'img3', order: 2, _id: 'img3' }
  ]
}

In questo modo, puoi ordinare le tue immagini utilizzando un indice dell'ordine virtuale, aggiornandole utilizzando solo l'_id o aggiornando l'intera raccolta cambiando l'ordine di tutti img2, eliminando o sostituendo un'immagine, ecc.