Come modificare il nome della raccolta in mongoose.model?

Puoi usare questa struttura structure.API di mongoose.model è questa:

 Mongoose#model(name, [schema], [collection], [skipInit])

che significa

 mongoose.model('User', AdminSchema, 'admin'); 
 //Here 3rd argument 'admin': as collection name

Puoi fare anche con questo

let AdminSchema = mongoose.Schema({
  username : String,
  password : String.
  ....... 
}, { collection: 'admin' });

Vedi questo link dalla documentazione di Mongoose.