$e con $match funziona benissimo.
Hai errori di sintassi nella tua query. Prova questo.
db.test.aggregate([
{
$match: {
$and: [
{type: {$in: ["TOYS"]}},
{type: {$nin: ["BARBIE"]}},
{time: {$lt:ISODate("2013-12-09T00:00:00Z")}}
]
}
}
])
E per quello che stai cercando di fare, non hai bisogno di un $and
.