Due possibilità qui:
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Poiché non disponi di un identificatore univoco per i commenti, l'unico modo per aggiornare un elemento specifico nell'array dei commenti è indicare esplicitamente l'indice che stai aggiornando, in questo modo:
db.documents.update( { _id: "iL9hL2hLauoSimtkM"}, { $push: { "comments.0.likes": "userID3" }} );
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Se aggiungi un identificatore univoco per i commenti, puoi cercarlo e aggiornare l'elemento abbinato, senza preoccuparti dell'indice:
db.documents.update( { _id: "iL9hL2hLauoSimtkM", "comments._id": "id1"}, { $push: { "comments.$.likes": "userID3" }} );