Come faccio a impostare un timeout su una query Mongoose?

Puoi farlo con Query#maxTime metodo.

Quindi nel tuo caso lo chiameresti come:

MySet.find({}).maxTime(10000).exec(function(err, doc) { ... });

Puoi confermare che sta impostando correttamente il maxTimeMS opzione abilitando il debug di Mongoose tramite mongoose.set('debug', true); e quindi vedrai l'output della console per questa query simile a:

Mongoose: myset.find({}) { maxTimeMS: 10000, safe: true, fields: {} }