Un ObjectId è binario e quindi occupa meno spazio. Gli ObjectId hanno anche il fattore di ordinamento:finiranno per essere nell'ordine di inserimento (o molto vicini), pur rimanendo univoci. L'ordinamento può essere utile per alcune cose, ma indesiderato per altre (come le chiavi shard). Puoi anche estrarre il timestamp (seconda risoluzione) da un ObjectId, il che può essere conveniente.
A parte questo, direi che non c'è molta differenza.
