C'è un distinct
comando in mongodb, che può essere utilizzato insieme a una query. Tuttavia, credo che questo restituisca solo un elenco distinto di valori per una chiave specifica che chiami (cioè nel tuo caso, otterresti solo i valori id restituiti), quindi non sono sicuro che questo ti darà esattamente quello che vuoi se tu hai bisogno di tutti i documenti - potresti invece richiedere MapReduce.
Documentazione su distinto:http://www.mongodb.org/display/DOCS/Aggregation#Aggregation-Distinct