$in richiede un array come secondo argomento, trovato:mancante

Prima opzione --> Usa aggregazione

Perché alcuni dei documenti della tua raccolta possono contenere o meno permissions campo o è di tipo diverso da array ecco perché viene visualizzato questo errore.

Puoi trovare il $type del campo e se non è un array o non esiste nel documento, puoi aggiungerlo come array con $addFields e $cond aggregazione

db.collection.aggregate([
  { "$addFields": {
    "permissions": {
      "$cond": {
        "if": {
          "$ne": [ { "$type": "$permissions" }, "array" ]
        },
        "then": [],
        "else": "$permissions"
      }
    }
  }},
  { "$project": {
    "filteredChildren": {
      "$filter": {
        "input": "$moduleChildren",
        "as": "moduleChild",
        "cond": {
          "$in": [ "$$moduleChild._id", "$permissions" ]
        }
      }
    }
  }}
])

Seconda opzione -->

Vai alla tua mongo shell o robomongo su qualsiasi GUI che stai utilizzando ed esegui questo comando

db.collection.update(
  { "permissions": { "$ne": { "$type": "array" } } },
  { "$set": { "permissions": [] } },
  { "multi": true }
)