Impedisci a Mongoose di creare la proprietà _id per gli elementi dell'array di documenti secondari

È semplice, puoi definirlo nel sottoschema :

var mongoose = require("mongoose");

var subSchema = mongoose.Schema({
    // your subschema content
}, { _id : false });

var schema = mongoose.Schema({
    // schema content
    subSchemaCollection : [subSchema]
});

var model = mongoose.model('tablename', schema);