Restituisce 1 invece di 0 quando il risultato di Count(*) è Null

Stai contando il campo sbagliato. Fate così, prendendo il campo dalla tabella esterna unita ESTAGIARIO (non da ESTAGIO ):

SELECT ESTAGIO.SK_ESTAGIO, Count(ESTAGIARIO.SK_ESTAGIO) as how_many
 from ESTAGIO
 left join ESTAGIARIO
 on ESTAGIARIO.SK_ESTAGIO = ESTAGIO.SK_ESTAGIO
 group by
    ESTAGIO.SK_ESTAGIO

A proposito, count non può mai restituire null .