Prova a usare ISNULL
Sono abbastanza sicuro che il motivo sia perché quando si confronta IS NULL con NULL il risultato è NULL, quindi False, quindi perché sta valutando il tuo ELSE 1
SELECT c.customerID, o.OrderID, CASE When ISNULL(o.OrderID, 0) = 0 Then 0 Else
1 End as YesNO
FROM Customers c
LEFT JOIN Orders o
ON c.customerID = o.customerID