Penso di aver avuto lo stesso identico problema. In tal caso, la mia soluzione era eliminare tutte le voci in web.config facendo riferimento a ReportViewer, quindi fare lo stesso in Riferimenti, creare il progetto e quindi aggiungere nuovamente un visualizzatore di report nella pagina.
web.config si aggiornerà con nuovi gestori e assembly per la versione più recente.