Quando esegui l'ftp del file, lo sta effettivamente copiando dove ti aspetti, con il nome corretto? Potresti voler inserire il percorso assoluto del file.
Tendo a far funzionare il pacchetto SSIS dalla riga di comando prima di provare a eseguirlo da un'applicazione, in questo modo è più facile eseguire il debug.
