Se stai utilizzando SQL Server 2008, un filtro Indice potrebbe essere la tua soluzione:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms188783 .aspx
Questo è il modo in cui applico un indice univoco con più valori NULL
CREATE UNIQUE INDEX [IDX_Blah] ON [tblBlah] ([MyCol]) WHERE [MyCol] IS NOT NULL