L'ALTER è bloccato da blocchi condivisi di metadati detenuti da altre istruzioni? Qualsiasi ALTER richiede un blocco esclusivo dei metadati e come tale verrà bloccato da qualsiasi altra istruzione che utilizza la tabella.
Controlla Monitoraggio attività oppure esamina sys.dm_exec_requests e guarda chi sta bloccando il tuo ALTER INDEX.