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È possibile impostare una chiave esterna tra due fogli excel?

Se intendi leggere i dati da due fogli e mescolarli per creare record "combinati" che inserisci nel database in cui hai impostato l'FK, dovrebbe essere possibile.

Leggi Lettura di celle Excel utilizzando C#

Puoi aprire i fogli a cui accedi in un Loop, ma dovrai coordinare la creazione dei dati dai tuoi fogli.