Non stai eseguendo la tua query dinamica, prova questo :
CREATE PROCEDURE [dbo].[sp_Sample] @param1 VARCHAR(100)
AS
DECLARE @Sql NVARCHAR(MAX)
SET @param1 = Replace(@param1, ',', ''',''')
SET @Sql = 'select * from tblSample where col1 IN ('''
+ @param1 + ''')'
--PRINT @Sql
exec sp_executesql @Sql
GO
Exec sp_Sample '1001'
GO
Nota:PRINT
istruzione stamperà la stringa della query, decommentarla e controllare la tua query.