Se elimini e crei la procedura, perderai le impostazioni di sicurezza. Questo potrebbe infastidire il tuo DBA o interrompere del tutto la tua applicazione.
Quello che faccio è creare una stored procedure banale se non esiste ancora. Successivamente, puoi ALTERARE la stored procedure a tuo piacimento.
IF object_id('YourSp') IS NULL
EXEC ('create procedure dbo.YourSp as select 1')
GO
ALTER PROCEDURE dbo.YourSp
AS
...
In questo modo, le impostazioni di sicurezza, i commenti e altri metadeti sopravviveranno alla distribuzione.