Dal momento che hai detto che è un processo automatico che dovrebbe avvenire ogni giorno, puoi creare un lavoro SSIS (ETL) per farlo e puoi pianificare il lavoro in modo tale che venga eseguito ogni giorno.
Ecco il link che spiegherà chiaramente come creare un pacchetto ETL come origine file flat e destinazione database.
Questo link ti aiuterà con la procedura passo passo per la pianificazione di un processo in SQL Server Agent.
Puoi selezionare il percorso della cartella invece del nome del file in Sorgente in modo che ETL Job sposti tutti i file nella cartella nella tabella di destinazione una volta al giorno.
