Ho ricevuto una risposta chiara da Microsoft qui http://social.msdn.microsoft.com/Forums/en-US/ssdt/thread/c66c2296-c94e-4f21-993e-7d3090a596a5
Visual Studio Express 2012 per il Web non supporta il nuovo SQL Server Data Tools. Per lavorare con un progetto di database (conversione dal vecchio dbproj o creazione di un nuovo progetto da zero), è necessario utilizzare Visual Studio 2010 Shell. Gli errori che ho ricevuto da Stored Procedures sono stati causati perché gli script sql non sono stati importati correttamente. Il vecchio dbproj aveva gli script sql in cartelle arbitrarie. La soluzione era escludere tutti gli script sql dal progetto che avevo appena convertito da un dbproj, quindi reimportare gli script sql. Quando lo fai, il progetto li riconosce e non genera errori.
