JOIN ha una precedenza più alta di un COMMA, quindi la tua seconda affermazione viene interpretata come (nota i genitori che ho aggiunto):
select sched.id, max(txn.dttm), acc.id
from PaymentSchedulePeriod sched
,(PaymentSchedulePayment pay
right outer join AccountTransaction txn on pay.accountTransactionFk=txn.id
right outer join Account acc on txn.accountFk=acc.id)
where sched.accountFk=acc.id
group by sched.id, acc.id
Vedi anche:JOIN regole di precendenza per SQL-99