Se leggerai l'articolo qui:https://dba.stackexchange.com/questions/692/sql-server-2008-cross-database-performance-on-same-physical-machine-and-server ti renderai conto che non avrai una penalizzazione delle prestazioni perché Query Optimizer sarà solo uno. La differenza sarà solo se utilizzerai query a istanze incrociate. In questo caso, la query verrà analizzata da analizzatori di query separati su entrambe le istanze.
I possibili problemi che possono verificarsi nel tuo caso sono legati alla gestione. Leggi come gestire la proprietà tra database qui:http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms188676.aspx
