GUID di Entity Framework 6 come chiave primaria:impossibile inserire il valore NULL nella colonna "Id", la colonna "FileStore" della tabella non consente valori null

Oltre ad aggiungere questi attributi alla colonna ID:

[Key]
[DatabaseGenerated(DatabaseGeneratedOption.Identity)]
public Guid Id { get; set; }

nella tua migrazione dovresti cambiare il tuo CreateTable per aggiungere il defaultValueSQL proprietà alla tua colonna, ad esempio:

Id = c.Guid(nullable: false, identity: true, defaultValueSql: "newsequentialid()"),

Questo ti eviterà di dover toccare manualmente il tuo database che, come hai sottolineato nei commenti, è qualcosa che vuoi evitare con Code First.