Impossibile trovare la colonna dbo o la funzione definita dall'utente o l'aggregazione dbo.Splitfn o il nome è ambiguo

È una funzione con valori di tabella, ma la stai usando come funzione scalare.

Prova:

where Emp_Id IN (SELECT i.items FROM dbo.Splitfn(@Id,',') AS i)

Ma... considera anche di cambiare la tua funzione in un TVF in linea, poiché funzionerà meglio.