Bene, alla fine rispondo alla mia stessa domanda:non è possibile utilizzare l'autenticazione di Windows da una macchina Linux utilizzando il driver Microsoft JDBC. Ciò è possibile utilizzando il driver jTDS JDBC utilizzando la seguente stringa di connessione:
jdbc:jtds:sqlserver://host:port;databaseName=dbname;domain=domainName;useNTLMv2=true;
Grazie a tutti per tutti i commenti