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Il trucco è popolare la tabella con MERGE istruzione invece di un INSERT...SELECT . Ciò ti consente di utilizzare i valori dei dati inseriti e di origine nella clausola di output:

MERGE INTO Table3 USING
(
    SELECT null as col2, 
           110 as col3, 
           Table1.ID as col4, 
           Table2.Column2 as col5,
           Table2.Id as col6
    FROM Table1
    JOIN Table1Table2Link on Table1.ID=Table1Table2Link.Column1
    JOIN Table2 on Table1Table2Link.Column2=Table2.ID
) AS s ON 1 = 0 -- Always not matched
WHEN NOT MATCHED THEN
INSERT (Column2, Column3, Column4, Column5)
VALUES (s.col2, s.col3, s.col4, s.col5)
OUTPUT Inserted.ID, s.col6
INTO @MyTableVar (insertedId, Table2Id);