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Memorizzazione dei valori dell'array su interi

42703 significa undefined_column - questo accade, perché usi le virgolette intorno a "$2","$3" e le doppie virgolette identificano gli oggetti db (in questa parte della query - colonne). Rimuovili per essere:

db.query('INSERT INTO users(name,student_id) VALUES($1,ARRAY[$2,$3]::INTEGER[]) RETURNING *', [data.name, data.id])
.then(function(user) { })
.catch(function(err) {
    return callback(null, err);
})