ON_ERROR_STOP non funzionerà con -c opzione.
Inoltre, il $(...) che circonda il psql sembra sbagliato — vuoi eseguire l'output come comando?
Infine, hai dimenticato una barra rovesciata dopo -L opzione
Prova a utilizzare un "qui documento":
psql \
-X \
$POSTGRES_CONNECTION_STRING \
-w \
-b \
-L ./output.txt \
-A \
-q \
--set ON_ERROR_STOP=on \
-t <<EOF
\copy mytable(...) from '$input_file' csv HEADER
EOF
echo "import is done"