Sequelize.js elimina comunque la riga della tabella anche se paranoid è impostato su true

Assicurati che paranoid sia un attributo definito all'interno del secondo parametro dell'oggetto.

..., {
classMethods: {
    associate: function(models) {
        Collection.belongsTo(models.User,{ foreignKey: 'userId' })
      }
  },
    timestamps: true,
    paranoid: true
}

Hai definito paranoico come 3. Param e questo è il problema.