sqlalchemy più chiavi esterne nella stessa tabella

Non è del tutto chiaro quale sia esattamente la causa del problema poiché hai omesso la parte più importante:il codice che genera quell'eccezione ma se si aggiungono proprietà di relazione alla classe PostModel lanci che tentano di aggiungere chiavi_estere parametro a relazione chiamare come segue:

class PostModel(...):
    # ...
    subject1_id = Column(db.Column(db.BigInteger, db.ForeignKey(EntitiesModel.id), nullable=False)
    subject2_id = Column(db.Column(db.BigInteger, db.ForeignKey(EntitiesModel.id), nullable=False)
    subject1 = relationship(EntitiesModel, foreign_keys=subject1_id)
    subject2 = relationship(EntitiesModel, foreign_keys=subject2_id)