Questo è dalla memoria e non è stato testato. Poiché non hai detto quale fosse l'errore, sto ipotizzando di fare qualcosa di simile prima con Mysql. Se l'errore dice che non puoi aggiornare e selezionare dalla stessa tabella, devi aggiungere un alias alla selezione. In caso contrario, penso che dovresti usare un IN, non un join.
Non testato ma dovrebbe funzionare
UPDATE `customers`
SET `customers.working` = 'DUPL'
WHERE customers.ordernumber IN (SELECT t1.`ordernumber`
FROM (SELECT ordernumber
FROM `customers`
GROUP BY `ordernumber`
HAVING Count(`ordernumber`) > 1) AS t1);
Su un cellulare quindi si spera formattato ok e parentesi nell'ordine corretto ecc :)