Non sono sicuro di mySQL ma in MSSQL puoi cambiare le regole di confronto nella query, quindi ad esempio se hai 2 tabelle con regole di confronto diverse e vuoi unirle o come nella tua situazione, puoi fare UNION di cassa
select column1 from tableWithProperCollation
union all
select column1 COLLATE SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS from tableWithDifferentCollation
Ovviamente SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS è solo un esempio di confronto in cui vuoi "convertire"