Come ottenere un ID univoco con incremento automatico per le righe su più tabelle?

puoi usare UUID.

INSERT INTO mytable(id, name) VALUES(SELECT UUID(), 'some data');

Ulteriori informazioni sull'UUID:http://mysqlbackupnet. codeplex.com/wikipage?title=Utilizzo di%20MySQL%20Con%20GUID%20o%20UUID