Lo stai emettendo esattamente come MySQL lo memorizza. Il browser è impostato per visualizzarlo in modo diverso da come lo emetti perché stai emettendo contenuto di testo su una pagina HTML. (In particolare, non mostra una nuova riga per ogni nuova riga che emetti).
Per visualizzarlo correttamente in HTML, è necessario sostituire le nuove righe con un carattere di interruzione di riga, nl2br
è una funzione utile proprio per questo scopo.
Altri modi per forzare il browser a visualizzarlo come previsto è impostare il tipo di contenuto come text/plain invece di text/html oppure usa il <pre> tag.
