Ho avuto lo stesso problema. Il provider che sono stato costretto a utilizzare aveva solo MyISAM e l'ho sviluppato in InnoDB. È possibile migrare poiché sembra che MyISAM stia ignorando tutti i comandi FK che usi durante la creazione dello schema.
Ho usato una semplice esportazione da Mysql workbench e ho importato lo schema e il contenuto nell'host remoto.
Penso che i vincoli del database verrebbero mantenuti da quando ho sviluppato e testato utilizzando InnoDB con il controllo FK. Se il tuo codice è solido, il rischio dovrebbe essere minimo che il database perda l'integrità. Ma ovviamente possono esserci casi di problemi imprevisti con le chiavi se non gestisci alcuni vincoli nel tuo codice.
Una panoramica di InnoDB e MyISAM i motori di archiviazione potrebbero darti la risposta se ti sei affidato a qualcos'altro che distingue i due.